Pembentukan Fikes Universitas Jenderal Soedirman merupakan suatu langkah guna memfasilitasi pelaksanaan program-program kesehatan yang telah ada di Universitas Jenderal Soedirman menjadi lebih efektif dan efisien. Proses pembentukan Fikes Universitas Jenderal Soedirman ini melalui proses yang panjang dan persiapan yang matang. Pembentukan Fikes Universitas Jenderal Soedirman dipersiapkan dengan membentuk Kelompok Kerja (POKJA) yang unsur-unsurnya terdiri dari perwakilan dari setiap program/cabang ilmu yang ada, dengan tugas untuk menyiapkan segala sesuatu yang terkait dengan pendirian Fikes Universitas Jenderal Soedirman, diantaranya adalah Susunan Organisasi dan Tata Kerja (SOTK).
Dapat diceritakan secara singkat bahwa sebelum menjadi satu fakultas, rumpun bidang Ilmu-ilmu Kesehatan diselenggarakan dalam pengelolaan sendiri-sendiri yaitu Program Sarjana Kesehatan Masyarakat, Program Sarjana Keperawatan dan Program Sarjana Farmasi.
Cikal bakal terbentuknya Fikes Universitas Jenderal Soedirman dimulai dengan berdirinya FKIK yang terdiri dari Program Pendidikan Dokter berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti No 308/D/T/2001 tanggal 25 September 2001 dan Program Sarjana Kesehatan Masyarakat (Ijin Dikti No. 2798/D/T/2001 tanggal 30 Agustus 2001). Selanjutnya, 4 (empat) tahun kemudian dibuka juga Program Sarjana Keperawatan dan Program Sarjana Farmasi sesuai dengan SK Dirjen Dikti Nomor: 598/D/T/2005, tanggal 2 Maret 2005. Program-program yang ada tersebut ini dalam pendiriannya dipersiapkan dengan langkah yang bertahap dan matang melalui kegiatan lokakarya yang dilakukan oleh masingmasing POKJA dengan bimbingan dan arahan dari Konsorsium Ilmu-ilmu Kesehatan Indonesia, dengan perencanaan ke depan menjadi satu Fakultas.
FKIK Universitas Jenderal Soedirman dibentuk dengan ijin dari Dirjen Dikti Nomor: 3833/D/T/2006 tanggal 9 Oktober 2006, yang selanjutnya ditindaklanjuti dengan terbitnya Keputusan Rektor Universitas Jenderal Soedirman Nomor: Kept 122/H23/OT/2007 tentang Pembentukan FKIK Universitas Jenderal Soedirman dan SK Rektor Nomor: Kept 123/H23/OT/ 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja FKIK Universitas Jenderal Soedirman.
Secara resmi FKIK telah mulai berjalan dan berfungsi dengan terbitnya SK Rektor tersebut dan terbitnya SK Rektor Nomor: Kept 158/H23/KP/2007 tanggal 5 Mei 2007 tentang Pengangkatan Dekan FKIK Unsoed, yang diikuti dengan pengangkatan Pembantu Dekan (PD) I, II dan III berdasarkan Keputusan Rektor Nomor: Kept 185/H23/KP/2007, yang pelantikannya dilakukan pada tanggal 3 Juli 2007 bersamaan dengan pelantikan unsur organisasi dan tata kerja yang lainnya yaitu Kepala bagian tata usaha dan 4 (empat) Kepala Sub Bagian serta Pengelola di semua Jurusan (Jurusan Kedokteran, Keperawatan, Kesehatan Masyarakat dan Farmasi, serta Program Studi Kedokteran Gigi). Kedudukan FKIK Universitas Jenderal Soedirman semakin kuat dengan dikeluarkannya Permendiknas Nomor 25 tahun 2009 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Jenderal Soedirman, Pasal 10 ayat (3) Permendiknas tersebut menyatakan FKIK Universitas Jenderal Soedirman sebagai salah satu fakultas di Universitas Jenderal Soedirman.
Susunan Organisasi dan Tata Kerja FKIK Universitas Jenderal Soedirman juga telah diperbarui dengan SK Rektor Universitas Jenderal Soedirman nomor: 316/H23/OT/2009. Berdirinya Fakultas ilmu-ilmu Kesehatan Universitas Jenderal Soedirman berdasarkan Surat Keputusan Rektor No. 1600/UN23.OT.01/2014 Tentang Penetapan Fakultas-fakultas Baru. Dengan dasar tersebut maka secara de facto Fikes berdiri dengan membawahi bidang ilmu-ilmu kesehatan dan Profesi.