Info Detail

Fakultas Ilmu-ilmu Kesehatan

  • Molecular docking workshop using PyRx

    • 03,Sep 2025
    • Posted By : Khadirin
    • 0 Comments

    Perkembangan ilmu pengetahuan di bidang farmasi dan bioteknologi semakin menekankan pentingnya penggunaan teknologi komputasi dalam penemuan dan pengembangan obat. Salah satu metode yang banyak digunakan adalah molecular docking, yakni teknik pemodelan interaksi molekul antara ligan dengan target protein untuk memprediksi potensi aktivitas biologisnya. Menyadari urgensi penguasaan teknik ini, pada Rabu, 3 September 2025, Jurusan Farmasi Fakultas Ilmu-Ilmu Kesehatan dan Research Centre of Rural Health Universitas Jenderal Soedirman bekerja sama dengan PT Artha Genetikalab Indonesia, INBIO Indonesia, Karita dan Kimia Farma menyelenggarakan Molecular Docking Workshop using PyRx. Kegiatan ini berlangsung di Ruang Mini Conference, Integrated Health Sciences Building Lantai 1, dan dihadiri oleh  dosen, serta peneliti dari Universitas Jenderal Soedirman, ITSK RS Dr. Soepraoen Malang, Universitas Muhammadiyah Purwokerto, Universitas Al-Irsyad Cilacap, Universitas Peradaban Bumiayu, Universitas Harkat Negeri Tegal, STIKES Serulingmas Cilacap, STIKES Ibnu Sina Ajibarang, dan STIKES Bina Cipta Husada Purwokerto, yang berminat mendalami bidang bioinformatika dan komputasi farmasi. Workshop ini menghadirkan dua narasumber kompeten di bidangnya, yaitu: Dr. M. Salman Fareza, M.Si (Jurusan Farmasi, Universitas Jenderal Soedirman), yang memberikan pengantar teoritis mengenai dasar-dasar molecular docking dan Dr. Eka Diyah Putri L, M.Si (INBIO Indonesia), yang membimbing sesi praktik langsung penggunaan perangkat lunak PyRx sebagai aplikasi komputasi dalam virtual screening dan docking simulation.

    Workshop terbagi menjadi dua sesi utama:

    1.        Introduction to Molecular Docking Pada sesi ini, Dr. M. Salman Fareza, M.Si menjelaskan konsep dasar molecular docking, mulai dari pemahaman struktur protein dan ligan, prinsip ikatan kimia yang mendasari interaksi molekul, hingga algoritma pencarian konformasi terbaik. Penekanan juga diberikan pada signifikansi docking dalam penelitian farmasi, khususnya dalam proses drug discovery yang lebih cepat, hemat biaya, serta dapat memberikan prediksi awal aktivitas biologis senyawa.

    2.        Hands On Molecular Docking using PyRx Sesi praktik dipandu oleh Dr. Eka Diyah Putri L, M.Si, yang mengajarkan langkah-langkah teknis penggunaan PyRx. Peserta diperkenalkan pada antarmuka PyRx, persiapan file protein dan ligan, penentuan grid box, serta analisis hasil docking berupa nilai binding affinity.

    Melalui latihan ini, peserta dapat memahami secara langsung bagaimana PyRx memfasilitasi proses virtual screening, memvisualisasikan interaksi molekul, dan membandingkan afinitas antar ligan. Diskusi interaktif juga dilakukan untuk membahas interpretasi data docking serta kemungkinan aplikasi lebih lanjut dalam penelitian masing-masing peserta. Kegiatan ini memberikan manfaat besar bagi peserta, khususnya dalam meningkatkan literasi digital dan komputasi di bidang farmasi. Dengan menguasai keterampilan dasar molecular docking menggunakan PyRx, mahasiswa dan peneliti dapat memperkaya metode penelitian mereka, terutama dalam eksplorasi kandidat senyawa bioaktif dari bahan alam maupun sintetis.

Leave A Comment